Benteng Vredeburg dibangun pada tahun 1760 atas perintah Gubernur Jenderal Belanda, Nicolaas Hartingh. Awalnya, benteng ini didirikan sebagai pusat pertahanan dan pengawasan terhadap Keraton Yogyakarta. Nama "Vredeburg" sendiri berarti "Benteng Perdamaian," yang mencerminkan harapan untuk menjaga hubungan damai antara Belanda dan Kesultanan Yogyakarta.
Benteng Vredeburg pertama kali dibangun dengan sangat sederhana. Temboknya berbahan tanah dan ditopang dengan tiang-tiang kayu pohon kelapa/aren dengan atap ilalang. Benteng tersebut berbentuk persegi yang di masing-masing sisinya dilengkapi bastion.
Setelah Proklamasi Kemerdekaan Indonesia dikumandangkan pada 1945, Benteng Vredeburg berhasil diambil alih oleh instansi militer Indonesia. Namun, Belanda melalui Agresi Militer II pada 19 Desember 1948 berhasil menguasai kembali Benteng Vredeburg. Selain digunakan sebagai tempat penyimpanan alat-alat tempur, Belanda juga menggunakan benteng ini sebagai markas Dinas Rahasia Belanda.
Benteng ini juga sempat digunakan untuk berbagai keperluan militer sebelum akhirnya diresmikan sebagai museum pada tahun 1987. Sejak saat itu, Museum Benteng Vredeburg menjadi tempat untuk mempelajari dan menghargai sejarah perjuangan bangsa.