Sejak dibentuk pada tahun 1987, Arema telah mengikuti berbagai kompetisi sepakbola tertinggi di Indonesia. Mulai dari Galatama, Liga Indonesia, Indonesia Super League, hingga Liga 1. Arema juga beberapa kali meraih gelar diantaranya adalah juara Galatama 92-99, juara ISL 2009-2010, dan juara Piala Indonesia 2005 serta 2006.
Namun, perjalanan klub tersebut dari Galatama hingga Liga 1 yang merupakan kompetisi strata tertinggi saat ini diwarnai dengan dualisme klub yang terjadi pada tahun 2011. Saat itu, sepakbola Indonesia juga memiliki dualisme kompetisi papan atas, yakni Indonesia Super League (ISL) dan Indonesia Premier League (IPL).
Ketua Yayasan Arema Indonesia saat itu, Muhammad Nur bersama dengan Acub Zaenal mendaftarkan Arema Indonesia untuk bermain di IPL yang saat itu dianggap sebagai kompetisi yang resmi. Hanya saja, pada musim kedua PSSI memutuskan IPL sebagai kompetisi ilegal karena adanya konflik internal.
Di sisi lain, kubu Rendra Kresna (sekretaris Yayasan Arema), ternyata tidak setuju dengan keinginan ketua Yayasan Arema yang mendaftarkan Arema ke kompetisi IPL. Padahal, ketika itu Rendra diketahui sudah mengundurkan diri dari yayasan. Kubu Rendra Kresna beralasan, saat saham Arema dilepas oleh pemilik Arema terdahulu, PT Bentoel, pihak Rendra lah yang mendapat amanat dan berhak atas arah tujuan Arema.
Dua kubu itu lantas sama-sama membentuk klub bernama Arema, lalu mengikuti dua kompetisi berbeda. PT Arema Indonesia pimpinan M. Nur, mendapat suntikan dana dari konsorsium Ancora dan mengikuti kompetisi Liga Primer Indonesia (IPL) dengan nama Arema Indonesia. Di sisi lain, Arema versi Rendra berkompetisi Liga Super Indonesia menggunakan nama Arema Cronus.
Seiring meredupnya konflik internal di PSSI, akhirnya ISL kembali diakui sebagai satu-satunya kompetisi strata tertinggi dalam sepakbola Indonesia. Namun, Arema telah terlanjur terbagi menjadi dua klub. Pada akhirnya, PSSI mengabulkan kedua kubu untuk tetap bisa berkompetisi secara bersamaan.
Arema Indonesia, dianggap sebagai klub yang terhukum karena mengikuti IPL yang dianggap ilegal harus mengulang kompetisi dari level Liga Nusantara. Hal tersebut didasarkan pada kongres PSSI di Bandung pada 2017. Saat ini Arema Indonesia berkompetisi di Liga 3 Indonesia. Sementara itu Arema Cronus mengubah namanya menjadi Arema FC dan berkompetisi di Liga 1.