Youtube.com/Official Persebaya
Perjalanan klub ini di dunia sepak bola tanah air ternyata tidak selamanya berjalan mulus. Terungkap, ada berbagai permasalahan yang sempat dihadapi Persebaya di awal tahun 2000-an.
Setelah juara pada 2004, Persebaya sempat mundur di pertengahan liga musim 2005. Langkah tersebut turut berbuah hukuman dan membuat Persebaya degradasi ke Divisi Satu.
Pada 2008, Persebaya kembali bangkit dengan berhasil masuk ke Liga Indonesia yang saat itu menjadi kasta tertinggi kompetisi sepak bola di Indonesia. Akan tetapi, Persebaya tak lama setelah itu kembali dihadapkan dengan masalah lain.
Pada waktu musim 2009/2010, Persebaya mengalami degradasi, tapi dengan cara yang cukup aneh menurut catatan sejarah.
Saat itu, Persebaya yang harusnya melawan Persik Kediri pada 29 April 2010 di Stadion Brawijaya, Kediri, malah tak jadi digelar karena Macan Putih tak memiliki izin. Padahal, pertemuan itu sangat penting untuk Bajul Ijo karena mereka tidak terdegradasi jika meraih kemenangan.
Pertandingan mereka kemudian dipindah ke Stadion Mandala Krida, Yogyakarta, yang harusnya digelar pada 6 Mei 2010. Namun, Persik Kediri juga tak dapat izin keamanan. Laga itu kemudian dipindahkan ke Stadion Gelora Jakabaring, Palembang pada 5 Agustus 2010.
Menurut peraturan, Persebaya seharusnya tak perlu lagi menjadwalkan pertandingan karena mereka bisa menang tanpa bertanding dan mendapat skor 3-0. Namun, PT Liga Indonesia saat itu lebih memilih merencanakan laga ketiga di Palembang.
Bajul Ijo pun tak ingin datang, sehingga membuat mereka harus finis di posisi 17 dengan 36 poin. Kejadian itu akhirnya membuat Persebaya memutuskan tak lagi berlaga di Divisi Utama 2010-2011.
Sebagai wujud protes kepada PSSI, Persebaya memilih berkompetisi di Liga Primer Indonesia 2011 yang di mana merupakan kompetisi tandingan dari ISL (Liga Super Indonesia). Setelah kejadian itu, muncullah tim serupa bernama Persebaya DU.
Persebaya kemudian memilih nama Persebaya 1927 untuk membedakan Persebaya DU. Pada musim 2015, Persebaya 1927 memenangkan gugatan hak paten atas nama dan logo Persebaya. Ini membuat Persebaya tandingan versi Wisnu Wardhana harus mengubah nama menjadi Bonek FC.
Nama itu kemudian diganti menjadi Surabaya United atas desakan Bonek. Klub itu kemudian melakukan merger dengan PS Polri dan mengganti namanya menjadi Bhayangkara Surabaya United. Kini klub tersebut dikenal dengan nama Bhayangkara FC.
Di sisi lain, Persebaya 1927 disahkan kembali sebagai anggota PSSI dalam Kongres 2017. Akan tetapi, mereka harus memulai kembali dari Divisi Utama 2017 atau kini yang dikenal dengan nama Liga 2. PSSI juga memperbolehkan mereka menggunakan nama Persebaya yang kita kenal sampai hari ini.