Saat itu perempuan masih mendapatkan diskriminasi dari kaum laki-laki untuk bisa menempuh pendidikan tinggi.
Bayangkan saat itu, kaum laki-laki bisa dibiayai pemerintah buat sekolah, sedangkan perempuan harus menyiapkan biaya pendaftaran hingga biaya hidup sendiri.
Sama dengan perempuan lainnya, Marie Thomas juga mengalami hal ini. Marie Thomas bisa mengenyam pendidikan di Sekolah Pendidikan Dokter Hindia Belanda (STOVIA) juga mendapatkan dukungan dari dokter perempuan asal Belanda.
Marie Thomas dibantu oleh Aletta Jacob, ia juga dikenal sebagai dokter perempuan pertama yang berasal dari Belanda.
Awal pertemuan Marie dengan Aletta adalah ketika Aletta melakukan tur keliling dunia Ma. Saat mengunjungi Hindi Belanda di Batavia pada 18 April 1912. Aletta meminta Gubernur Jenderal A.W.F. Idenburg agar perempuan bisa mendapat izin dan memperoleh pendidikan kedokteran di STOVIA.
Perjuangan Aletta membuat Perempuan asal Sulawesi Utara ini bisa masuk dalam sekolah tersebut dengan dukungan beasiswa dari Studiefonds voor Opleiding van Vrouwelijke Inlandsche Artsen (SOVIA). Saat itu hanya ada 180 murid, dan Marie menjadi murid perempuan satu-satunya.
SOVIA adalah perkumpulan penggalangan dana studi untuk pendidikan dokter Hindia Wanita.
Marie Thomas lulus sekolah pada tahun 1922, ia langsung bekerja di Centraal Burger Ziekenhuis di Batavia, sekarang kita mengenalnya sebagai Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo (RSCM), Jakarta.