Organisasi Budi Utomo dibentuk pada tanggal 20 Mei 1908 di gedung STOVIA (School tot Opleiding van Inlandsche Artsen) Jakarta oleh sekelompok pemuda pelajar STOVIA yang dipimpin oleh dr. Soetomo. Pembentukan organisasi ini berawal dari gagasan dr. Wahidin Soedirohusodo, seorang alumni STOVIA yang prihatin terhadap rendahnya tingkat pendidikan orang Indonesia dan ingin mencerdaskan kehidupan bangsa melalui bantuan dana pendidikan (studiefonds) bagi pelajar orang Indonesia berprestasi yang kurang mampu.
Pada tahun 1907, Wahidin Soedirohusodo mengunjungi STOVIA dan menyarankan kepada para mahasiswa agar membentuk organisasi yang dapat mengangkat derajat bangsa Indonesia. Ide ini diterima baik oleh Soetomo dan rekan-rekannya, sehingga mereka mendirikan Budi Utomo sebagai wadah perjuangan sosial, ekonomi, dan kebudayaan tanpa bersifat politik.
Nama "Budi Utomo" sendiri diusulkan oleh Soeradji, salah satu pelajar pendiri, dengan semboyan "Indie Vooruit" (Hindia Maju), menandakan semangat kemajuan bagi seluruh Hindia Belanda, bukan hanya Jawa.
Kongres pertama Budi Utomo diadakan pada Oktober 1908 di Yogyakarta, yang menetapkan susunan pengurus dan kantor pusat organisasi. Ketua Pengurus Besar terpilih adalah R.T.A. Tirto Kusumo dengan dr. Wahidin Soedirohusodo sebagai wakilnya, sementara para pendiri dari STOVIA menjadi pengurus cabang Betawi.
Budi Utomo menjadi organisasi pemuda pertama yang menandai kebangkitan nasionalisme Indonesia dengan perjuangan yang lebih terorganisir dan berfokus pada pendidikan serta kebudayaan, membuka jalan bagi organisasi-organisasi pergerakan lainnya di masa berikutnya.
Singkatnya, Budi Utomo lahir dari inisiatif para pelajar STOVIA yang terinspirasi oleh gagasan dr. Wahidin Soedirohusodo untuk memajukan pendidikan dan kebudayaan bangsa sebagai langkah awal kebangkitan nasional Indonesia.