Setelah memahami hadis tentang khitan, pahami juga doa khitan. Ada baiknya baca doa ini ketika anak sedang dikhitan.
اللهم هذه سنتك وسنة نبيك، صلواتك عليه واله، واتباع منا لنبيك، بمشييتك وارادتك وقضايك لامر اردته وقضاء حتمته، وامر انفذته، واذقته حر الحديد في ختانه وحجامته بامر انت اعرف به مني
Allahumma hadzihi sunnatuka wa sunnatu nabiyyika, shalawatuka 'alayhi wa alihi, wat tiba'un minna li nabiyyika, bi masyi'atika, wa iradatika, wa qadha'ika li amrin aradtahu, wa qadha'in hatamtahu, wa amrin anfadztahu, wa adzaqtahu harral hadidi fi khitanihi wa hijamihi bi amrin anta a'rafu bihi minni.
Artinya, "Ya Allah, ini adalah sunnah-Mu dan sunnah nabi-Mu. Semoga rahmat tercurah padanya dan keluarganya. Dan kami mengikuti nabi-Mu dengan kehendak-Mu dan qadha-Mu. Karena suatu hal yang Engkau inginkan. Karena suatu hal ketentuan yang Engkau tetapkan. Karena suatu perkara yang Engkau laksanakan, dan Engkau merasakan padanya panasnya besi dalam khitan dan bekamnya karena suatu perkara yang Engkau lebih tahu dari aku."
Setelah itu, lanjutkan doa dengan bacaan berikut:
اللهم فطهره من الذنوب، وزد في عمره وادفع الافات عن بدنه والاوجاع عن جسمه، وزده من الغنى وادفع عنه الفقر فانك تعلم ولا نعلم
Allahumma fa thahhirhu minadz dzunub, wa zid fi umrihi, wadfa'il afati 'an badanihi wal awja'i 'an jismihi, wa zidhu minal ghina, wadfa' 'anhul faqra, fa innaka ta'lamu wa la na'lamu.
Artinya, "Ya Allah, maka sucikanlah dia dari dosa-dosa. Tambahlah umurnya. Jagalah tubuhnya dari penyakit. Dan tambahlah kekayaan padanya dan jauhkan dari kefakiran. Maka sesungguhnya Engkau Maha Mengetahui sementara kami tidak mengetahui".